La llegada de Carlos V a la Península en noviembre de 1517 causó una mala impresión. El rey no hablaba castellano y venía acompañado por un gran número de consejeros y cortesanos flamencos, como sucedió en tiempos de su padre Felipe el Hermoso. Algunos de ellos obtuvieron de inmediato cargos e importantes rentas en Castilla.
El malestar ya se hizo sentir en las Cortes de Castilla reunidas en Valladolid el 9 de febrero de 1518 que le reconocieron como rey, al igual que las de Aragón (Zaragoza 29 de julio de 1518) y Cataluña (Barcelona 16 de abril de 1519). El nombramiento de Carlos como emperador, el 28 de junio de 1519, contribuyó a complicar la situación.
Este nombramiento tenía que significar el aumento de los impuestos y servicios y lo que era peor una absentismo del monarca, cuando no una total ausencia del reino. Sin embargo, Carlos convocó nuevas Cortes en Santiago de Compostela en 1520 obteniendo un nuevo servicio y emprendiendo la marcha para ser coronado emperador, dejaba como regente de Castilla a su antiguo tutor, Adriano de Utrech (Futuro Adriano VI) y como nuevo arzobispo de Toledo a otro flamenco Guillermo de Croy.
A finales de mayo de 1520 se iniciaba en Castilla la revuelta de las Comunidades. Los comuneros revindicaban que el rey no abandonase el país, que las Cortes tuviesen más atribuciones, que no se permitiese sacar más dinero del reino y que los cargos políticos y religiosos no se concediesen a extranjeros.
Toledo fue el núcleo central de la revuelta, que se extendió a ciudades como Segovia, Valladolid, Madrid, León o Burgos. Este movimiento estaba encabezado por las clases medias castellanas y fundamentalmente a las villas. También se puede considerar como un primer brote de “nacionalismo castellano” ya que las principales reclamaciones se hacían contra los consejeros extranjeros del monarca.
El movimiento constituyó una Cortes y Junta general del reino e intentó en vano obtener el apoyo de la reina Juana, recluida en Tordesillas. En otoño la revuelta se extendió al campo, donde se convirtió en un movimiento anti señorial, el cual fue apoyado por los comuneros. Esto supuso que la nobleza y las clases altas apoyasen al rey, así como las ciudades de Andalucía e incluso Burgos que cambiaba de bando.
Finalmente se producía el encuentro entre ambos ejércitos en la batalla de Villalar, abril de 1521, donde las tropas del rey derrotaban a las tropas comuneras. Sus tres líderes Juan Padilla, Juan Bravo y Francisco Maldonado serían ejecutados el 24 de abril. Tras la derrota la mayor parte de las ciudades comuneras volvieron a prestar lealtad al rey, salvo Madrid y especialmente Toledo donde María Pacheco, viuda de Padilla, que resistió durante nueve meses más hasta firmar un acuerdo con los representantes del rey el 31 de octubre.
El rey concedería un perdón general en 1522, pero como consecuencia de la revuelta el poder de las villas quedó mermado, así como la nobleza que quedaría subordinada a una monarquía autoritaria.
En la Corona de Aragón se produjeron las revueltas de las Germanías. Los artesanos del Reino de Valencia tenían el privilegio de formar unas milicias en caso de necesidad de lucha contra las flotas berberiscas. La revuelta adoptó características propias de revuelta social contra la nobleza, la cual había huido de la ciudad ante una epidemia de peste en 1519. Esto se unió a una época difícil económicamente.
Los artesanos capitaneados por el moderado Joan Llorenç se hicieron con el poder municipal en Valencia, posteriormente se extendía la sublevación a otras ciudades como Játiva o Alzira. Los sublevados reclamaban la democratización de los municipios, la reducción de la deuda y la imposición de diversas medidas contra caballeros y especuladores. Tras la muerte de Llorenç le sustituyó Vicent Peris, mucho más radical lo que hizo que la revuelta se trasladase al campo y se persiguiese a las comunidades mudéjares. Al igual que en Castilla la nobleza prefirió la alianza con el rey. Valencia era ocupada en 1521 y Alzira y Játiva en 1522. Carlos nombró como virrey de Valencia a Germana de Foix que llevó a cabo una política represora de los agermanados hasta el perdón general de 1528.
También hubo sublevaciones en Mallorca, estallando en 1521. Al igual que en Valencia, se constituyó una junta formada por trece personas. Ésta se hace con el control de la capital. Alcudia será la única población que permanece fiel al Rey durante el año y medio que los agermanados dominan la isla. En agosto de 1522, el emperador envía tropas que el 8 de marzo de 1523 rinden Palma de Mallorca. Más de 200 agermanados fueron ejecutados y al igual que en Valencia hubo que pagar multas y contribuciones extraordinarias.
Pese a que el absentismo real se hizo crónico, la nobleza castellana fue incorporada al gobierno. El emperador creó nuevos consejos y en la política española el secretario Francisco de los Cobos se convirtió en el hombre fuerte de Carlos. Los reinos hispánicos se integraron progresivamente en el conglomerado imperial.
En 1555, en Bruselas, el emperador abdicó en su hijo Felipe, en ese momento rey de Inglaterra por su matrimonio con María I de Inglaterra el año anterior. A su hijo le cedía los territorios italianos, españoles y borgoñones, siendo para el hermano del emperador, Fernando, el título imperial y los territorios de la Europa central y oriental. Posteriormente se retiraba al monasterio de Yuste donde moriría en 1558.
