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Los historiadores consideran que el Estado europeo moderno empezó a perfilarse en el siglo XV, para designarlo se ha acuñado la expresión monarquía autoritaria.
Cuando comenzaron a reinar en Castilla, Fernando e Isabel se encontraron con dos realidades contrapuestas. En primer lugar existía una situación de múltiples enfrentamientos entre distintas facciones. Esta era una consecuencia de la falta de autoridad de los dos últimos reyes: Juan II y Enrique IV, además de la guerra civil de 1475 a 1479. Por otra parte existía una corriente política desde el siglo XIII que tendía a reforzar la autoridad del rey y que ya en 1348 había otorgado a la Corona el derecho a legislar.
Fernando e Isabel, dotados de un gran sentido de la autoridad supieron jugar con las dos realidades. En Castilla se asistía a un evidente cansancio ante las situaciones de anarquía y de guerra de todos contra todos. Los reyes supieron presentarse como una garantía para el mantenimiento del orden y el triunfo de la justicia. Por ese motivo no les fue difícil a Fernando e Isabel imponer su autoridad en la Corona de Castilla.
Dado el desinterés de Isabel por la Corona de Aragón el protagonista político en estos territorios fue Fernando. También aquí el monarca se encontró con dos realidades. Por un lado quedaba la guerra civil que había enfrentado a Juan II con miembros de la nobleza y de la oligarquía urbana. Fernando terminaría con ello mediante la Sentencia Arbitral de Guadalupe de 1486, reforzando así el papel de la corona. Por otro lado la tradición pactista imperante en la Corona de Aragón ponía serias trabas al poder real. El rey dio pasos destinados a controlar lo mejor posible los nombramientos de los miembros de los Consejos municipales y de las Generalidades reservándose el derecho de proponer a los candidatos.
El poder de la nobleza suponía un problema a la autoridad de los reyes. Estos habían aceptado que no podían enfrentarse a los grandes nobles castellanos, pero también que tenían que evitar que las grandes familias de la nobleza volvieran a decidir sobre las opciones políticas de la Corona de Castilla.
Los reyes no sólo no desposeyeron a los nobles de sus patrimonios sino que les permitieron consolidarlos creando los mayorazgos (Cortes de Toro de 1506) Pero la nobleza tuvo que aceptar la indiscutible soberanía de los reyes y otorgarle el poder decisorio en todas las cuestiones políticas. Por ejemplo en 1476 la reina Isabel ordenaba desmochar las torres de Cáceres, para prevenir nuevas intrigas nobiliarias.
Además para quitarle poder político a la nobleza se reestructuraron las instituciones de gobierno heredadas del periodo anterior. Especialmente en época feudal los reyes no podían prescindir de los nobles en dos aspectos básicos: la toma de decisiones, a través del Consejo Real y la guerra, dependiendo de las mesnadas feudales.
Con los Reyes Católicos surgiría un ejército moderno. En la guerra de Granada se tuvo que recurrir por última vez a las milicias urbanas y las tradicionales huestes señoriales, laicas, eclesiásticas y de órdenes militares. Pero la pérdida de importancia de la caballería y las guerras de Italia cambiaron el modelo de los ejércitos a partir del siglo XVI. Los soldados luchaban ahora por una soldada, es decir, eran mercenarios y sólo obedecían a las órdenes del rey, su mantenimiento era muy caro y los mandos pertenecían a la nobleza. Su principal sería Gonzalo Fernández de Córdoba, creador de las coronelías, una unidad de unos 6000 hombres, principalmente infantes.
Para asegurar el orden interno, proteger el comercio, los caminos y perseguir el bandolerismo se creó la Santa Hermandad, un grupo de gente armada pagada por los concejos. Fue instituida en las Cortes de Madrigal de 1476, unificando las distintas hermandades que habían existido desde el siglo XI.
Otra tradicional fuente de problemas era la Iglesia, formada por miembros de la alta nobleza y preocupada de las intrigas políticas, además de contar con unos recursos económicos considerables. Por ello los reyes obtuvieron en 1486 el derecho de patronato o Patronato Regio. Con ello se aseguraba el control de la jerarquía eclesiástica, luego fue ampliado para América donde además la Corona administraba el diezmo correspondiente a la Iglesia (Patronato Indiano 1508).
Otro problema que resolvieron los reyes fue el de las órdenes militares. En 1495 Fernando fue proclamado gran maestre de todas ellas (Santiago, Montesa, Alcántara y Calatrava) De esa forma pasaban a estar controladas directamente por el rey. Además sus tierras y rentas pasaban también a manos de la Corona, quedando ahora su pertenencia a cualquiera de ellas como un mero signo de distinción social.
También se reformó la Audiencia. Debido a la gran extensión de la Corona se decidió crear una nueva sala, Isabel la Católica en 1494, divide dicha Audiencia en dos: la Audiencia de Valladolid, con competencia al norte del río Tajo; y la de Ciudad Real, con competencia al sur del mismo río. En 1500 se decidió trasladar esta última a Granada, lo que se verificó en 1505. Además la audiencia de Valladolid tendría dos salas en Galicia y Vizcaya. En la Corona de Aragón Fernando también se introdujo esta institución creándose una audiencia en cada una de las capitales de los reinos.
Finalmente para administrar todo este complejo de gobierno se decidió la creación de consejos. En 1480 en las Cortes de Toledo se reformo el Consejo Real de Castilla (creado en 1385) A partir de la reforma los miembros del consejo serían en su mayoría letrados nombrados y pagados por la corona. Los pocos nobles que formaban parte de él, lo hacían llamados por el monarca, nunca por derecho propio. El poder del consejo fue aumentando hasta que acabó por ocuparse de todos los asuntos concernientes a la corona de Castilla. En 1494 Fernando creó el Consejo de Aragón.
Además aparecieron varios consejos asesores o ministeriales. El Consejo de la Inquisición, que será conocido como la Suprema, fue creado en 1483 y siempre se movió en un espacio ambiguo entre la condición de tribunal eclesiástico para la persecución de delitos contra la fe que era propia del Santo Oficio y la pretensión real por controlarlo desde los mismos tiempos fundacionales de los Reyes Católicos. Instancia última de las causas de los tribunales inquisitoriales locales, la Suprema, con el Inquisidor General a la cabeza, se ocupaba del nombramiento de los inquisidores y agentes del Santo Oficio. También en abierta ambigüedad entre lo eclesiástico y lo real, el Consejo de las Ordenes Militares, creado en 1495, extendía su campo de actuación al régimen privativo de los caballeros de hábito, ocupándose de velar por la pureza de su sangre a la hora de ingresar en alguna orden, sin olvidar las atribuciones de gobierno y justicia en las tierras de las órdenes militares cuyos maestrazgos fueron incorporados a la Corona de forma perpetua a partir de 1523. Y el Consejo de la Cruzada, creado por Juana I en 1509, que nació para la recaudación y administración de las llamadas tres gracias (bula de la cruzada, subsidio y excusado) que Roma concedía al Rey Católico para la organización de cruzados como Defensor de la Fe. Era presidido por un Comisario General y su campo de acción abarcaba los territorios de las coronas de Castilla, con las Indias, y Aragón, con Sicilia y Cerdeña.
