Durante el siglo XVI todos los Estados modernos procuraron crear una estructura de Gobierno que les permitiera imponer la autoridad el rey, aparecía así la monarquía autoritaria. En España la organización ya había sido esbozada por los Reyes Católicos y fue perfeccionada por la familia de los Habsburgo.
Órganos de Gobierno y Justicia:
Residirán fundamentalmente en la Corte. La complicación del aparato burocrático obligó a ello y aunque los Reyes Católicos y Carlos V no tuvieron una capital, Felipe II la implantó definitivamente en 1561, eligiendo Madrid.
El monarca y los miembros de su casa serán los actores principales de todo este entramado burocrático. Durante el siglo XVI los reyes españoles de la casa de Austria demostraron una fuerte personalidad y gobernaron directamente – Carlos V y Felipe II – o ayudándose por sus familiares, reinas consortes, como Isabel de Portugal, o infantes/as como Isabel Clara Eugenia. Además, no importó que estos proviniesen de líneas bastardas como Margarita de Parma o Juan de Austria.
Los chancilleres o secretarios podían pertenecer a la nobleza o también a la alta burguesía. Carlos V empezó su reinado con un único canciller, Gattinara, pero acabó montando dos grupos de secretarios: un secretariado español, con Francisco de los Cobos y Gonzalo Pérez, que entendía sobre los problemas de España e Italia y un secretariado franco-borgoñón, con Granvela, que entendía sobre los asuntos de las posesiones al Norte de los Alpes. Por su parte la burocracia llego a tal grado de perfeccionamiento en tiempos de Felipe II que este tuvo que trabajar con una serie de secretarios, entre ellos Antonio Pérez y Juan de Escobedo, que le ponían en contacto con los Consejos.
Los Consejos (sistema polisinodial) fueron especializándose a partir del Consejo Real (1480) Eran órganos consultivos formados por especialistas, fundamentalmente juristas, nombrados y pagados por el rey. Si algún noble pertenecía a ellos lo hacía como funcionario real no en razón de nacimiento o por derecho propio. Existían dos tipos de consejos, por un lado tenemos los llamados consejos asesores o ministeriales. Estos consejos eran comunes para todos los reinos de la monarquía hispánica. Los Reyes Católicos crearon el primer consejo que servía en todos sus Estados en 1483, el de Inquisición, en 1495 se creaba el de Órdenes Militares y en 1509 el de Cruzada. En tiempos de Carlos V se creaba el de Estado, en 1522, y en 1523 el de Hacienda. No será hasta 1586 cuando se cree el Consejo de Guerra, cuyos asuntos se trataban anteriormente a través del Consejo de Estado.
Por otro lado estaban los consejos territoriales, encargados de los asuntos de determinados Estados. En 1480 los reyes reformaron el Consejo de Castilla, que se convertiría en Cámara de Castilla en 1588. Además Fernando creaba el de Aragón en 1494. De ambos se separaron asuntos, así el del de Castilla surgió el Consejo de Indias en 1524 y desde el de Aragón se creaba el Consejo de Italia en 1555. En 1582 se creaba el de Portugal tras la incorporación de dicho Estado y en 1588 Felipe segundo creaba el de Flandes.
Este conglomerado de Estados no podía contar con la presencia del monarca, por ello la casa de Austria extendió el modelo aragonés de virreyes. Habrá virreyes en Aragón, Cataluña, Navarra, Valencia, Nápoles, Portugal, Sicilia y Cerdeña. Además en América se crearán dos virreinatos, el de Nueva España (Méjico) y el del Perú (Lima).
Las audiencias mantuvieron su misma organización que en tiempos de los Reyes Católicos en la Península, la de Canarias fue creada en 1526. En América, se instala por primera vez una Audiencia, en Santo Domingo (en la isla La Española) en 1511, pero al poco tiempo fue suprimida (siendo restablecida en 1526). Bajo Carlos I y Felipe II se extendieron las Audiencias por América y las Filipinas: México en 1527; Panamá en 1538; Guatemala y Lima en 1543; Guadalajara y Santa Fe de Bogotá en 1548; Charcas (Alto Perú) en 1559; Quito y Concepción (Chile) en 1563 y Manila (Filipinas) en 1583.
El poder de la casa de Austria se basó también en una clara supremacía militar, naval y diplomática.
El Ejército se basaba en los tercios, la mejor máquina de guerra de todo el siglo XVI. Fueron oficialmente creados por Carlos I tras la reforma del ejército de 1534, sus orígenes se remontan a las tropas de Gonzalo Fernández de Córdoba en Italia, organizadas en coronelías. Se repartían las tropas en tres clases: piqueros, escudados (espadachines) y ballesteros mezclados con las primeras armas de fuego portátiles (espingarderos y escopeteros). No tardaron mucho en desaparecer los escudados y pasar los hombres con armas de fuego de ser un complemento de las ballestas a sustituirlas por completo. Los tres primeros tercios fueron el Tercio Viejo de Sicilia, el Tercio Viejo de Nápoles y el Tercio Viejo de Lombardía. Poco después se crearon el Tercio Viejo de Cerdeña y el Tercio de Galeras (que fue la primera unidad de infantería de marina de la Historia y por lo tanto la más antigua de todas las existentes hoy día). Los Tercios se formaron de soldados profesionales y voluntarios que estaban en filas de forma permanente. Al frente se encontraba un Maestre de Campo que en ocasiones daba el nombre al tercio. Los mandos fueron de primera calidad como Pedro navarro, el duque de Alba, Juan de Leyva, Alejandro Farnesio o don Antonio de Austria. El núcleo lo formaban los castellanos, seguidos en número de italianos y alemanes, aunque también había tercios valones, loreneses e incluso uno inglés. No se permitía la mezcla de nacionalidades en los tercios y el centro de la formación siempre lo ocupaban los tercios castellanos.
La armada española disfrutó de una supremacía naval durante todo el siglo. Estaba formada por dos bloques, las galeras, naves de remo, que operaban en el Mediterráneo y los galeones, a vela, que operaban en el Atlántico (Mar Océana) Se crearon atarazanas reales para que cada Estado contribuyese a la escuadra con un determinado número de navíos de línea y auxiliares. Los éxitos de esta armada fueron cuantiosos durante todo el siglo, permitiendo a la Monarquía hispánica el dominio de los mares. Los mandos fueron de excelente calidad, destacando don Álvaro de Bazán que nunca en toda su dilatada carrera perdió un solo encuentro naval.
La diplomacia permanente fue una innovación de los gobiernos renacentistas. Los Habsburgo mantuvieron embajadores permanentes en las cuatro principales plazas europeas, Roma, París, Londres y Viena. Preferentemente se designo para estos cargos a castellanos y valones.
Todo este entramado tuvo dos consecuencias. Por un lado el crecimiento extraordinario del cuerpo de funcionarios. Los cargos más importantes estaban reservados para la alta nobleza (Alba, Guzmán, Mendoza…) o el clero (Gattinara, Granvela…) Felipe II buscó un personal muy adicto, que le debiera su ascenso, entre la pequeña nobleza o la burguesía acomodada (Cobos, Vázquez, Pérez…) La infinidad de cargos burocráticos, generalmente mal pagados, cayeron en el mercado de la venta y corrupción. La angustia financiera llevó a crearlos exclusivamente para venderlos y que los compradores obtuviesen un sobresueldo (integraciones) y con el derecho de reventa o herencia, formando verdaderas dinastías de funcionarios.
Por otro lado supuso el aumento del gasto. Desde 1523 existía un Consejo de Hacienda y los primeros presupuestos tendían a equilibrar sólo los gastos ineludibles, además no se diferenciaba entre la hacienda del rey y la del Estado. Los principales gastos eran los de la casa real, el ejército, la armada o el pago de los juros (deuda pública). Cualquier gasto extraordinario requería un ingreso extraordinario. Los ingresos fundamentales eran la alcabala castellana, el servicio trienal, los derechos de aduanas, las bulas de cruzada, los bienes reales y de las órdenes militares y el quinto real de las Indias. Pero en muchos casos el Estado no cobraba directamente esos impuestos sino que lo hacía a través de un asentista, que adelantaba el dinero y luego recaudaba los impuestos. El Estado que cargó con la mayor parte de los gastos fue Castilla, mientras que otros reinos pagaban unas cantidades estipuladas. Ello llevó a la Monarquía a cada vez más solicitar préstamos a banqueros extranjeros, los Fugger, los Welser o diversos banqueros genoveses. Aún así no se consiguió evitar las sucesivas bancarrotas.
